להלן תחומי פעילותם העיקריים:

* מניעת מחלות בעלי-חיים ומחלות המשותפות לבעלי-חיים ולאדם, והדברתן;

* איבחון מחלות כנ"ל וביצוע מחקרים בהן;

* פיקוח על יבוא ויצוא של בעלי-חיים ותוצרתם;

 * מחקר ופיתוח בתחום הרפואה הווטרינרית;

* בדיקת תכשירי חיטוי הדברה - ותרכיבים לבע"ח, רישויים ופיקוח על השימוש בהם; * רישוי מפעלים לייצור תרכיבים ופיקוח עליהם;

* רישוי (במשותף עם משרד הבריאות) של תרופות וטרינריות;

* פיקוח והנחייה של הגופים הציבוריים הפועלים בתחום בריאות בעלי-חיים ומוצריהם, כגון המחלקות הווטרינריות ברשויות המקומיות והמועצה לענף הלול;

* רישוי בתי-מטבחיים ומשחטות ופיקוח עליון על שחיטות בעלי-חיים לשוק המקומי ולייצוא;

 * רישוי מפעלים לעיבוד מוצרים מן החי לייצוא ופיקוח עליון על פעולותיהם;

 * פיקוח עליון בנושא פסדים מן החי;

* פיקוח עליון על רישוי עסקים הקשורים בבע"ח, מזונם, תכשירים להם ומוצריהם, וזאת באמצעות הרופאים הווטרינריים הרשותיים;

 * קיום תכנית מעקב ארצית אחר שאריות מסוכנות במזון שמקורו מן החי;

* מניעת צער בעלי-חיים ודאגה לרווחתם;

 * פיקוח עליון בנושא הכלבת, לרבות מניעת התפשטותה באמצעות חיות-הבר;

 * פיקוח עליון על רישוי כלבים והטיפול בנשיכות כלבים;

* רישוי הרופאים הווטרינרים וטיפול בתלונות כנגדם;

 * ייזום וקידום חקיקת מישנה והוראות החקיקה הווטרינרית;

 * ייצוג ישראל בגופים הבינלאומיים הרלבנטים;

* קיום קשרים דו-צדדיים עם המדינות השונות בתחומי אחריותם;

 * הדרכה והסברה לחוגי המקצוע ולציבור הרחב בנושאים וטרינריים;

 * יישום הסכמי האוטונומיה והשלום בתחום הווטרינרי

 במסגרת ביצוע הפעולות הנ"ל, מתקיים קשר הדוק בין השרותים הווטרינריים לבין "החקלאית"; עם ארגוני החקלאים ומועצות הייצור (חלב ולול); ביה"ס "קורט" לרפואה וטרינרית; משרדי ממשלה שונים ובעיקר משרדי הבריאות, הפנים, התמ"ס, האוצר ואיכות הסביבה; מרכז השלטון המקומי; ארגוני התעשיינים בתחום תעשיית המזון מן החי וארגוני צרכנים; הקרן לנזקי טבע; ארגוני צעב"ח; מכון התקנים; הארגונים הבינלאומיים – W.T.O., F.A.O., W.H.O., O.I.E ; האיחוד האירופי; U.S.D.A; הסוכנות האמריקאית הפדרלית לסיוע בינלאומי (A.I.D.)  ועוד.

 (*) שלושה מסופי גבול נוספים, בגבול ירדן- מסוף ירדן, גשר אדם וגשר אלנבי – מאויישים בידי עובדי השירותים להגנת הצומח ולביקורת, בהנחיית השו"ט בתחום אחריותם.